С началом Великой Отечественной войны в Колпино формировались части народного ополчения, 24 августа — 4 сентября 1941 года из рабочих завода сформирован Ижорский батальон. Линия фронта проходила в непосредственной близости от территории завода, который подвергался вражеским артобстрелам (к 1944 году в Колпино из 2183 домов сохранилось 327). В кварталах Колпино и на его бульварах разорвалось 140 939 снарядов и 436 авиабомб. По далеко не полным данным за время войны от артиллерийских обстрелов и голода в Колпинском районе погибло 4600 человек, не считая погибших на фронте. Разрушения были столь катастрофическими, что некоторые архитекторы предлагали строить завод и город на новом месте. К 1 января 1944 года в Колпино осталось всего 2196 жителей. После снятия блокады люди постепенно возвращались из эвакуации, из армии. На 1 января 1945 года население составило 7404, к началу следующего года — 8914 человек. Боям под Колпино посвящено стихотворение Александра Межирова «Мы под Колпиным скопом стоим»